在農業生產中，利用微生物不僅可以生產肥料、製造農藥、加工飼料，而且有的微生物本身就是美味可口的食品。在這方麵的微生物主要是一些大型真菌。
（一）食用真菌
食用真菌營養豐富、美味可口，是理想的天然食品和多功能食品。
食用真菌多數還是野生。目前經人工馴化並室 內栽培的食用真菌主要有香菇、木耳、銀耳、金耳、草菇、金針菇、猴頭菇、竹蓀、口蘑、雙胞菇、平菇、鳳尾菇、鮑魚菇、鬆茸和大肥菇等。從產量上看，雙胞菇最大，其次是香菇。
（二）藥用真菌
有些食用真菌還具有藥用價值。大約有500種真菌有一定的療效，如茯苓、冬蟲夏草、香菇、銀耳和靈芝等。藥用真菌涉及的醫療保健效果有解表、利尿滲濕、止血化瘀、健胃、清熱、通便、安神、補腎、驅蟲、去風濕、平肝息風、降壓、調節代謝、抗腫瘤和外用消炎等17類 。常見的有銀耳提神生津，滋補強身；黑木耳潤肺消化；香菇降低膽固醇，增強免疫力；猴頭菇治療胃病，緩解消化管癌症；靈芝改善神經衰弱，增強免疫功能，延緩機體衰老，並能使部分癌細胞凋亡。
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