1、促進土壤形成
土壤是農作物生長的基礎，由岩石風化而成。岩石經過物理、化學因素長時間的作用後變成岩石粉末，再形成“土”。土中有了有機物和微生物後，通過其中微生物的活動，土慢慢變成“壤”，讓農作物能夠生長，並提供豐富的礦質元素。土在形成具有生物活性的土壤過程中，微生物擔當了主力軍的作用。可以這樣說，沒有微生物的作用，就不可能有供農作物生長的土壤的形成。
2、增加土壤肥力
這是微生物肥料的主要功效。所謂土壤肥力是指土壤供給農作物生長所需養料的能力。微生物是土壤肥力的最大貢獻者。土壤是微生物的大本營，在那裏長年生活著數量龐大、種類繁多的微生物群體。它們在生命活動過程中，不斷分解土壤中的有機物，轉化成腐殖質，促進土壤團粒結構形成，增加土壤肥力。同時它們每一個細胞又是一個小小的化肥加工廠，直接“生產”各種“化肥”，供農作物吸收，如固氮微生物利用空氣中分子氮合成為農作物能吸收的氨；磷細菌能使土壤中難溶解的磷轉化為農作物易吸收的磷；矽酸鹽細菌能使鉀長石中的鉀變為可溶性鉀，利於農作物吸收。微生物細胞本身也富含營養，死亡後也被分解轉化為農作物可吸收的營養基質。微生物一生辛勤耕耘、默默無聞、任勞任怨地為農作物源源不斷地提供可利用的N，P，K等元素營養，減少其他肥料的用量，降低了農業生產成本，真是勞苦功高，甘當幕後“英雄”。
3、增強作物抗性
在植物根圈範圍中，生存著許多對植物有益的植物根圈促生細菌。它們在生長代謝過程中能產生許多促進生長的物質、多種抗生素、胞外溶解酶和氰化氫等，抑製有害微生物生長，減少病蟲害對作物的侵害，增強作物抵抗病蟲害的能力。
4、提高作物品質
許多研究證明，使用微生物肥料後能提高農產品的內在含量，如蛋白質、糖、維生素等物質的含量均有所提高。在有些情況下，改善產品品質比提高產量的好處更大。
5、減少環境汙染
由於濫用化肥、汙水灌溉等不良行為造成土壤質量下降、環境汙染、農產 品安全受到了極大影響。而使用微生物肥料，可以消耗利用城市生活垃圾和農業廢棄物，增加土壤肥力，改善土壤性能，減少環境汙染。
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