環境監測是了解環境狀況和科學治理環境的重要手段，它包括化學分析、物理測定和生物監測3個部分。生物監測是利用生物對環境汙染所發出的各種信息來判斷環境汙染狀況。在生物監測中，微生物監測是重要的組成部分。因為生態環境中的微生物是環境汙染的直接承受者，環境狀況的任何變化都對微生物群落結構和生態功能產生影響，因此用微生物作為環境監測的指標之一是非常靈敏和真實可靠的。
（一）以含菌量作為檢測環境質量的指標
1、水的衛生指標
水體中如存在某種腸道細菌即表明該水體曾被糞便汙染，並有可能存在病原微生物。一般情況下，水中的致病微生物總量總是較少，而且直接檢測也很困難。因此在水質衛生學檢查中，通過檢測與病原微生物並存於腸道且容易檢出的腸道細菌作為指標菌，以取代對病原微生物 的直接檢測。 目前在水質細菌衛生學檢測中，大腸菌群、糞鏈球菌和產氣莢膜梭菌常用作水質汙染糞便的指標菌，其中以大腸菌群最為常用。因為大腸菌群在糞便中數量較多，且存活時間與腸道病原微生物大致相同，而檢驗方法又容易操作。
大腸菌群中如以典型大腸杆菌為主，說明水質受到糞便近期汙染；如以非典型大腸杆菌為主，則表明水質受到陳舊糞便的汙染。
為排除土壤中原存大腸菌群的幹擾，通常將溫度從37升至44檢測，這時檢測出來的大腸菌群稱為“糞大腸菌群”，而在30攝氏度檢測出來的大腸菌群稱為“總大腸菌群”。
在水質衛生學檢測中，根據水中大腸菌群的多少判定水質汙染程度和飲用水的安全性。在實際中，常用“大腸菌群指數”和“大腸菌群值 ”作為指標。大腸菌群指數是指每100ml水中所含的大腸菌群的數量，而大腸菌群值則是驗出一個大腸菌群的最少水樣量（ml）。兩者的關係可用下式表示：
大腸菌群值=100/大腸菌群指數
2、空氣的汙染程度
空氣中的微生物主要來自人類的生活和生產活動。它們附著於固體塵埃或液體水滴上，隨載體懸浮於空氣中。微生物汙染空氣，容易造成呼吸道疾病的流行。因此要對空氣中的微生物進行檢測，以判斷空氣的汙染程度。 目前直接檢測空氣中的病原微生物尚有困難，主要是通過檢測空氣中的菌落總數作為指標來評價空氣質量。空氣中的菌落總數常用撞擊法和平麵沉降法來檢測。
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