1、汞的微生物轉化
汞可以元素汞、有機汞、無機汞化合物3種形式存在於環境中。它們都具有毒性，但無機汞的毒性最小。有些微生物如大腸杆菌能將有機汞、無機汞還原成元素汞，然後收集菌體，提取回收菌體內的汞，從而減少環境中的汞含量。另外，嚴格控製含汞化合物進入水體和土壤，防止汞素汙染。
砷的微生物轉化
砷是自然界廣泛存在的毒性很強的物質，它不是人體必需元素。
砷的毒性不僅取決於濃度，而且取決於它的化學形態。五價砷是無毒的，三價砷是劇毒的。工業生產中，砷大部分以三價砷存在，這就增加了砷在環境中的危險性。As2O3（砒霜）即是一例，劇毒。
許多細菌如假單胞菌、黃單胞菌、產堿菌等能氧化亞砷酸鹽為砷酸鹽，使之毒性減弱。但也有微生物如微球菌和某些酵母菌能使砷酸鹽還原成毒性更強的亞砷酸鹽。
3、硒的微生物轉化
硒是細菌、人及其他溫血動物的必需元素，缺硒會引起一係列病變。但它又是劇毒元素，因此要控製好所需要的量。
微生物具有代謝硒化物的能力。所發生的轉化作用或是改變硒的毒性或是具有其他利用價值。紫色硫細菌把元素硒氧化為硒酸鹽，毒性增強。氧化亞鐵硫杆菌代謝CuSe，生成元素硒，毒性減弱。土壤中大部分細菌、放線菌和真菌都能還原硒酸鹽和亞硒酸鹽為元素硒。群交裂褶菌、曲黴屬、青黴屬、棒杆菌屬、氣單胞菌屬和黃杆菌屬等能把元素硒和無機、有機硒化物轉化成二甲基硒化物，毒性明顯降低。
4、鉛的微生物轉化
鉛在工業中廣泛應用，但鉛對人體毒性很大。鉛可在細菌、藻類細胞中得到積累但不致死。因此可利用某些微生物如產堿杆菌屬、黃杆菌屬、假單胞菌屬等從環境中吸收富集鉛，而達到治理環境的目的。
此外，微生物還參與鐵、錳、錫、鎘和銻等金屬的轉化，雖然它不能直接降解這些金屬，但可通過對金屬的轉化作用，達到減輕毒性的目的。
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