微生物降解有機化合物時，由於有機化合物的結構和元素組成有很大的不同，它們被降解的難易程度也就存在著很大的差異。有機物的不同化學基團在微生物表麵不同的部位進行吸附和反應，而且反應往往從有機物分子所含的基團開始。如果以有機物所含的官能團降解的難易程度進行排序，則有：羧基>醛基>酮基>羥基>胺基>鹵代基。由此可見含鹵素基團的有機化合物是最難被微生物降解的。含鹵素的有機化合物因其用途廣泛而成為主要的環境汙染物之一，而且絕大部分有毒，會引起人類的多種疾病，有些甚至引起癌症。因此研究降解含氯有機化合物的微生物是一項很有意義的工作。
與其他有機化合物相比，含氯有機化合物不易被微生物降解的主要原因是因為氯並不是微生物的必需元素。微生物的主要結構物質，如蛋白質、核酸、多糖及脂類物質中都不需要氯元素，即使細胞需要氯離子，也能夠從環境(如水、土壤等)中大量獲得，因此細胞中幾乎不具備將含氯有機化合物轉化為不含氯中間產物的酶係。
最初對含氯有機化合物的降解研究試圖采用常規的混合微生物體係，如活性汙泥，但往往不能獲得滿意的效果。後來，人們通過在含有含氯有機化合物的培養基中的富集培養和“馴化”，誘導出降解含氯有機化合物的酶係，獲得了可以降解含氯有機化合物的菌株。可以降解含氯有機化合物的主要微生物屬於假單胞菌屬、分枝杆菌屬、甲基單胞菌屬、不動杆菌屬、亞硝化單胞菌屬及生絲微菌屬等。上一節介紹的白腐菌也具有降解含氯有機化合物的能力，因此能用於含氯的紙漿漂白廢水處理。通過富集、誘導和“馴化”等方法，可以使許多微生物具有降解含氯有機化合物的能力，但是降解的機理和參與降解的酶係卻有很大的差別，有些能產生脫氯酶，有些是通過還原脫氯作用，更多的是各種氧化酶在起作用。
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