造紙工業是造成環境汙染的重要汙染源。造紙廠的汙水主要來自造紙原料的脫木素和紙漿的漂白。人們之所以對白腐真菌感興趣就是因為它們有可能改變傳統化學製漿和化學漂白廢水處理的現狀，發展生物製漿和漂白廢水生物處理的新工藝，達到降低汙染、提高資源利用率和紙製品質量的目的。
白腐菌用於生物製漿可以采用兩種方法：直接用菌絲體或經提取後的酶降解木質素。在直接用白腐菌處理硬木牛皮紙漿時取得了較好的效果，五天後紙漿的Kappa指數（Kappa指數是造紙工業常用的木質素含量指標）從11.6降到了7.9；在處理軟木牛皮紙漿時直接效果並不明顯，但是進一步用堿抽提後，Kappa指數降到了8.5，而不經白腐菌處理、直接用堿抽提時Kappa指數隻能降到24，表明白腐菌在處理軟木牛皮紙漿時也起著重要作用。直接用白腐菌製紙漿的另一個優點是不需要加過氧化氫，因為菌絲中的乙二醛酶能為木素過氧化物酶提供必須的過氧化氫。但是由於白腐菌也產生纖維素酶，直接應用菌絲也造成了一部分纖維素的降解，從而降低紙漿的收率。采用經過提純的酶則可以避免纖維素損失。由於過氧化物酶需要過氧化氫參與才具有降解木質素的功能，因此一般不用提取的過氧化物酶，而是應用漆酶。單獨用漆酶處理硬木牛皮紙漿時效果也不理想，要與ABTS （2,2'-azinobis-3-ethylbenzthiazoline-6-sulphonate）共同處理，五天後紙漿的Kappa指數可以從12.1降低到9.2。目前生物製漿正處於工業化試驗階段，如果與機械磨漿結合，能夠達到較好的效果。
白腐菌用於紙漿漂白廢水處理已經取得了很大進展，一般都直接利用白腐菌菌絲進行處理，還有人應用固定化菌絲。經過3～4d的處理後，廢水的脫色率可以達到90%，COD和BOD降低60%以上，氯代有機物可減少45%，50%以上的芳香族化合物被降解，利用固定化菌絲的反應器可以連續操作30d以上。
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