通過基因操作及篩選獲得重組子後，最重要的問題就是目的基因的表達效率。提高表達效率是一個多學科交叉的問題，應該在基因體外重組的初期就考慮基因表達效率的問題，然後通過工程實踐進行優化，並將工程中發現的問題不斷進行改進。需要通過生物科學家和工程科學家的共同努力。
在基因重組的前期工作中，影響目的基因表達的主要因素是：宿主細胞選擇、基因密碼子優化、質粒或其他載體的選擇及設計、抗性標記設計、誘導劑或誘導方法選擇及設計、產物表達方式設計等。這些問題已經在前麵幾節中進行了討論，如果要了解更詳細的細節，可以參考有關專著和研究論文。值得指出的是：這些問題雖然已經有了必要的理論指導，但仍無法保證就能夠獲得高效表達，而且經驗往往占有很重要的地位。
從工程角度考慮，要獲得高效表達應該做好如下工作：宿主細胞培養基設計和培養條件優化、提高培養過程中的質粒穩定性問題、降低底物和/或產物（副產物）抑製的策略等。本節將針對基因重組微生物培養及目標產物表達進行討論。
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