芽孢，是部分細菌在生長發育後期於細胞內形成的休眠構造，其特點是呈圓形或橢圓形、厚壁、含水量低、抗逆性強。
芽孢沒有繁殖功能，能產芽孢的細菌種類也很少，主要是G+細菌的兩個屬——好氧性的芽孢杆菌屬和厭氧性的梭菌屬。
芽孢可以稱得上是生命界中抗逆性最強的構造，具有非常強勁的抗熱、抗化學藥物、抗輻射性能。比如，肉毒梭菌的芽孢置於沸水中要經過最少五小時才會失去活性；巨大芽孢杆菌的抗輻射能力要比E.coli細胞強36倍。芽孢的休眠能力也是十分驚人的，在常規生存環境中，其生命通常可以維持幾年至幾十年，也有文獻記載有的芽孢可休眠數千年。
芽孢的結構是比較複雜的，我們可以對此作如下歸納說明：
1、孢外壁
主要成分是脂蛋白，透性比較差。孢外壁是部分芽孢含有的結構，有些芽孢沒有這一層。
2、芽孢衣
主要成分是疏水性角蛋白，能夠抵抗酶解和藥物，多價陽離子很難通過。
3、皮層
主要成分是芽孢肽聚糖和DPA-Ca，體積比較大，滲透壓高，含水量較大。
4、芽孢的核心構造，包括芽胞壁、芽孢質膜、芽孢質、核區。
芽胞壁含有肽聚糖，能夠發展為新細胞的細胞壁；
芽孢質膜含有磷脂和蛋白質，能夠發展成新細胞的膜；
芽孢質含有DPA-Ca、核糖體、RNA以及酶類；
核區含有DNA。
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