（1）YIP載體
YIP載體由大腸杆菌質粒和酵母的DNA片段組成，可與受體或宿主的染色體DNA同源重組，整合進入宿主染色體中，故隻能以單拷貝方式存在，常用於遺傳分析。
（2）YRP載體
YRP載體也由大腸杆菌質粒和酵母的DNA片段組成，但酵母DNA片段不僅提供抗性基因篩選標誌，而且帶有酵母的自主複製順序（ARS）。由於大腸杆菌質粒本身也有一個複製點，所以這類質粒既可在大腸杆菌、又可在酵母中複製和表達，屬於大腸杆菌-酵母穿梭載體。
（3）YAC載體
YAC載體是酵母人工染色體（yeast artificial chromosone）的縮寫，屬於能在酵母細胞中克隆大片段外源DNA的克隆體係，是由酵母染色體中分離出來的DNA複製起始序列、著絲點、端粒以及酵母選擇性標記組成的能自我複製的線性克隆載體。
實際上YAC載體以質粒的形式出現，該質粒的長度約11.4kb，帶有人工染色體所需的一切元件。如圖11.4.2所示，當用它進行克隆時，先用BamHI和SmaI對它進行酶解，回收兩個臂，然後平末端的外源大片段DNA就可以同兩個臂連接，形成真正意義上的人工染色體。
結果表明，每個YAC可以裝進100萬堿基以上的大片段DNA，比柯斯質粒的裝載能力還要大得多。YAC既可以保證基因結構的完整性，又可以大大減少建立基因文庫所需的克隆數目，從而使文庫的操作難度減少。這種能組裝大片段DNA的質粒對生物基因組計劃的實施具有重要的意義。
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