已經詳細研究了氨基糖苷類抗生素的生物合成過程，從分離得到的中間產物證明糖單元是逐個連接上去的，其過程與細菌和黴菌細胞壁中發現的低聚糖合成途徑十分類似。在氨基糖苷分子中常常會有一些特殊的糖單元，這些特殊的糖分子往往在低聚糖裝配前就已經合成。
鏈黴素分子的裝配從磷酸鏈黴胺與二氫鏈黴糖的結合開始，並被活化為脫氧胸苷二磷酸，而N-甲基-L-葡萄糖氨在被活化為尿苷二磷酸後與二氫鏈黴糖的2'-羥基結合，再經過將二氫鏈黴糖環上的甲醇基氧化為醛基及脫去磷酸基團後就完成了鏈黴素的合成。
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