縮酚酸肽類抗生素的羥基和酮酸取代基來源於幾種氨基酸的轉氨反應，得到相應的酮酸，然後再經過氧化脫羧反應產生碳鏈縮短了一個碳原子的羧酸。離子載體纈氨黴素（Ionophore valinomycin）和蒽鐮黴素B（Enniantin B）的α-酮基β-異纈草酸基反應和吡啶黴素的α-酮基β-甲基纈草酸基反應就屬於這一類。從色氨酸開始，通過類似的一係列反應可以得到哢唑黴素（Carbazomycin）A和B的吲哚環。蘇氨酸通過氨基丙酮和酮丙醇路線代謝為乳酸，纈氨黴素的乳酸基團就來源於此。多肽類抗生素宜他黴素（Etamycin）分子中的3-羥基吡啶甲酸則是賴氨酸分解代謝生成乙酰乙酸的中間產物呱啶-2-羧酸的脫氫產物。
在次級代謝產物的合成途徑中，第一個反應往往是氨基酸的β羥基化反應，這在初級代謝反應中隻見於有機酸，典型例子有：
① p-羥基苯甘氨酸的合成，這是所有dalbaheptide 抗生素和諾卡殺菌素的一個組成部分，是從酪氨酸β羥基化或經一係列的反應得到的；
② 鏈絲菌素F（Streptothricin F）的Streptolidine結構是精氨酸經β羥基化再氧化為β酮精氨酸後成環得到的多環衍生物；
③ p-氨基苯丙氨酸的β-羥基化是氯黴素生物合成的第一步反應；
④ β羥基亮氨酸是遠黴素（Telomycin）和亮可他汀（Leucostatins）的結構成分。
事實上，其他抗生素生物合成的第一步也可以用β-羥基化解釋，隻是細胞很難吸收外源性的β羥基化氨基酸，因而難以通過實驗方法證實。
另外，在黑色素（Melanin）的生物合成途徑中，酪氨酸的芳香環上羥基化生成二羥基苯丙氨酸，隨後將氮結合到環上形成吡咯環。林可黴素和恩黴素分子結構中的烷基脯氨酸則是從酪氨酸反應得到的，吡咯烷環是從丙氨酰鏈環化而成，而芳香環開環降解後形成了脂肪烴側鏈。
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