這類反應與初級代謝產物本身的代謝途徑有關，如氨基酸的合成和分解、核苷酸代謝、糖轉化及輔酶合成等。
所獲得生物合成中間產物的功能是：
① 通過進一步的修飾從單一初級代謝產物合成抗生素；
② 與其他中間產物縮合形成複雜分子，合成方法與某些輔酶（如葉酸、輔酶A或醌蛋白的輔基等）合成類似；
③ 通過類型Ⅱ反應與幾個類似的代謝物縮合。
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