外源基因片段無法直接進入微生物和動植物受體細胞，需要與特定的載體DNA結合後才能進入細胞。這種能承載外源DNA片段（基因）、能帶入受體細胞而且具有自我複製能力的DNA分子稱為基因工程載體（vector）。
基因工程載體決定了外源基因的複製、擴增、傳代乃至表達。常用的基因工程載體有：質粒載體、噬菌體載體、病毒載體以及由它們互相組合或與其他基因組DNA組合成的載體。
載體可分為克隆載體和表達載體。根據載體轉移的宿主細胞不同，所用的表達載體也不同。根據載體功能不同還可分為測序載體、克隆轉錄載體、基因調控報告載體等。在基因工程操作中，需要根據運載的目的基因片段大小、將來要進入的宿主細胞類型及是否需要將目的基因插入染色體等選用合適的載體。
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