對於抗細菌劑的篩選，可以采用兩種策略。一種是以獲得新化合物為目標，可以應用與傳統概念不同的方法進行試驗。傳統篩選方法往往根據是否能殺死或抑製金黃色葡萄球菌S.aureus和枯草芽孢杆菌B.subtilis 的生長來試驗抗生素的抗性。因為對這兩種細菌有抗性的物質已被廣泛研究，取而代之的是篩選對其他細菌，如梭狀芽孢杆菌（Clostridium）等有抗性的物質，黃色黴素Kirromycin就是這樣篩選得到的。又如：將傳統的以是否抑製細菌的生長作為篩選目標，改變為根據是否抑製細菌的某些功能，如運動性或夾膜形成等作為目標進行篩選。另外也可以篩選那些具有特殊基團或結構的化合物，如含硝基、含氯的化合物，然後再測定其抗菌活性。另一種策略是以尋找已知抗生素的類似物為目標。一種比較簡單的方法是將兩種同基因菌株的發酵液活性進行比較，其中一個菌株是對所篩選的抗生素具有抗性的突變株，另一菌株則是對該類抗生素十分敏感而對其他抗生素不敏感的菌株。這種策略在篩選新的β-內酰胺類抗生素時取得了成功，如諾卡殺菌素的發現就是用這種方法篩選成功的一個典型例子。
一個更先進而且有效的方法是根據事先確定的目標去篩選新的抗生素。例如，若目標是要篩選對細菌細胞膜的合成起抑製作用的新抗生素，就可以采用比較發酵液對正常金黃色葡萄球菌S.aureus和缺少細胞壁突變株的作用差別來確定其是否具有所需的活性；也可以利用細菌代謝途徑中任意一個必需酶的抑製劑作為篩選目標，或者利用生物活性物質是否能與細菌中的特定受體形成複合物的方法進行篩選。
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