新篩選方法的目標是盡可能地提高某一類微生物的富集度。例如，如果要從土樣中分離杆菌，可以首先將土樣加熱到70℃或在50%乙醇溶液中浸泡一小時。經過這種條件的處理，隻有杆菌的孢子才能存活，這樣就使杆菌的富集度大大提高。再與選擇性培養基相結合，就能得到性能更特殊的微生物，如嗜酸菌或革蘭陰性菌等。
對於除鏈黴菌以外的其他放線菌，一種很有用的篩選方法是先將土樣在空氣中幹燥，然後加熱到100～120℃，並保溫一小時。雖然這種方法的選擇性不是很理想，但是能大大減少細菌和鏈黴菌的數量，結合應用選擇性培養基往往能起到很好的篩選效果。如：利用含溶菌酶或土黴素的培養基能篩選到鏈輪絲菌（Streptoverticillium）；含脫甲基金黴素或甲烯七黴素的培養基則用於諾卡菌（Nocardia）的篩選；指孢囊菌（Dactylosporangium）會在含幾丁質的培養基中選擇性地生長等。
在篩選黴菌時，可以在培養基中加人四環素等抗生素以抑製細菌的生長，同時可選擇在20℃的溫度下培養，在較低溫度下，放線菌基本上不會生長。另外，生長在極端氣候條件下及與高等生物共同生活的黴菌中篩選出新抗生素的概率也比較大。
近年來，抗生素產生菌的高通量篩選方法的發展很快，大大提高了篩選效率和發現新抗生素的概率。
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