曲黴（Aspergillus）主要用於有機酸和酶製劑的生產。由曲黴生產的最重要的次級代謝產物是洛伐他汀（Lovastatin），由A.terreus生產，它的功能是抑製膽固醇生物合成途徑中的第一個酶（甲基羥基穀氨酸還原酶）的活性，從而達到降低膽固醇的目的。洛伐他汀及其半合成產物新伐他汀已經成了醫治心血管疾病的常用藥。
曲黴中，A.nidulans 雖然能夠產生青黴素，但活力不高，不能用於工業生產。 A.alliaceus能產生蔥曲黴素（Asperlicin），這是一種非肽類的氨基酸衍生物，是一種正在研究中的縮膽囊肽的拮抗物。從A.oryzae和其他黴菌中分離的小肽Aspergillomarasmine對血管緊張肽轉化酶有一定的生物活性。從A.nidulans或A.rugulosus分離得到的脂肽棘白菌素（Echinocandins）具有抗黴菌活性，其中EchinocandinB經化學改性後得到的Cilo fungin抗黴菌劑有較好的臨床應用前景。
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