從鏈黴菌合成的聚酮化合物次級代謝產物的數量很多，它們都是通過乙酸和丙二酸的縮合生物合成的。其中最重要的兩類醫用抗生素是抗腫瘤的蒽環類（Anthracyclines）和抗菌的四環素類（Tetracyclines）。
蒽環類抗腫瘤劑的化學結構特點是含有一個或多個糖取代的羥基蒽醌。它們最先是根據其抗菌活性而分離得到的，然後發現它們還具有抗腫瘤活性，如從S.peucetius分離得到了具有抗白血病的道諾紅黴素（Daunorubicin或Daunomycin），從S.peucetius變異株發現了其羥基衍生物阿黴素（Doxorubicin或Adiamycin），阿黴素對白血病和幾種惡性腫瘤都有活性。最近又從S.galilaeus發現了一種新的抗腫瘤抗生素Aclarubicin。這些抗腫瘤抗生素都已經用於臨床治療。
四環素（Tetracycline）類抗生素具有廣譜抗菌能力。它們與蒽環類抗生素的主要區別是環上沒有糖基取代，但是有二甲基胺取代。這類抗生素中首先發現的是從S.aureo faciens產生的金黴素（Chlortetracycline）和從S.rimosus產生的土黴素（Oxytetracycline），然後從S.aureofaciens的突變株獲得了四環素，四環素的副作用是使牙齒變黑。去甲基金黴素從S.aureofaciens的突變株獲得了四環素，四環素的副作用是使牙齒變黑。去甲基金黴素（Demethyltetracycline）也是由S.aureofaciens的另一突變株生產的。現在，金黴素已隻用於動物飼養業;四環素的半合成衍生物，如強力黴素（Doxycycline）及二甲胺四環素（Minocycline）仍可用於人類疾病的治療。
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