擔子菌的菌絲發育良好，且有分隔，往往擴展生成扇形，通常為白色、鮮黃色或橙黃色。菌絲體具三個明顯的發育階段：初生菌絲（primary mycelium）二生菌絲（secondary mycelium）和三生菌絲（tertiary mycelium）。
初生菌絲為單倍體（n），是由單核的擔孢子萌發而成，初期為多核，而後即產生分隔，把菌絲體分成單倍體（單核）。二生菌絲為雙核體（n+n），它從初生菌絲發育而成。兩個單核細胞進行異宗配合，發生質配後，並不馬上核配，成為具雙核細胞的二生菌絲。二生菌絲以鎖狀聯合方式增殖細胞。兩個核同時分裂，由“鎖狀聯合機製”控製形成兩個子細胞，每個子細胞具有兩個不同的子核。二生菌絲可獨立營養並占據生活史的大部分。鎖狀聯合過程包括以下步驟：
① 菌絲的雙核細胞開始分裂之前，兩核之間生出一鉤狀分枝；
② 細胞內一個核進入鉤中；
③ 兩核同時分裂成4個核；
④ 新分裂的兩個核移入到細胞的一端，一個核仍留在鉤中；
⑤ 鉤向下彎曲與原細胞壁接觸，接觸處的壁溶解而溝通，同時鉤的基部產生隔膜；
⑥ 鉤中的核向下移，在鉤的垂直方向產生一隔膜，一個細胞分成兩個細胞，每個細胞具有兩個不同的子核，鎖狀聯合完成。
三生菌絲也是雙核體（n+n），由二生菌絲特化形成。特化菌絲形成各種子實體(fruit body)，而子實體是真菌產生孢子的構造，由繁殖菌絲和營養菌絲組成，其形態因種而異，如蘑菇、香菇等子實體呈傘狀，由菌蓋、菌柄和菌褶等組成。菌褶處著生擔子和擔孢子。
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