一、莢膜
某些細菌生活在一定的營養條件下時，會在細胞壁表麵形成一層鬆散的粘液狀物質，稱為莢膜，一般由多糖和多肽組成。莢膜能夠保護細胞免遭幹燥影響，同時也是細胞外的碳源和能源的儲備物質。當環境缺乏營養時，可被細胞利用。從臨床方麵來講莢膜可以保護病原菌免遭宿主吞噬細胞的吞噬，增強其致病能力。如具有莢膜的S 型肺炎球對人體毒力強，能引起肺炎，但如果細胞失去莢膜(即成為R型菌株)後，致病力就下降。
因莢膜是由細菌細胞壁外的一層粘液性多糖類物質組成，其對染料的親和力較弱，因此不容易著色，通常采用負染色法進行染色，讓菌體和背景著色，而莢膜不著色，從而使菌體周圍呈現透明圈。
莢膜染色方法：
第一步：需要製作適當厚度的細菌塗片，塗片時可多挑些菌體與水充分混合，並將粘稠的菌液盡量塗開，但塗布的麵積不宜過大，在空氣中自然幹燥，不要加熱固定。
第二步：滴加適量的結晶紫染色液於載玻片上，完全覆蓋菌體，靜置染色5-7分鍾。
第三步：用20%硫酸銅水溶液衝洗塗片，衝洗要適度，2-3遍即可。
第四步：用吸水紙吸幹多餘的水分，並立刻滴加1-2滴香柏油，以免形成CuSO4結晶。
第五步：使用顯微鏡鏡檢觀察。
二、鞭毛
鞭毛是生長在細菌菌體表麵的細長、彎曲的，具有運動功能的蛋白質附屬物。鞭毛的數目大約有一至數十條，長度約為15-20μｍ，直徑為0.01-0.02μｍ。鞭毛是細菌的運動器官，觀察細菌鞭毛對於細菌鑒定有十分重要的意義。依據鞭毛的有無、位置和數量，細菌分為無鞭毛菌、單端極鞭毛菌、單端雙鞭毛菌、單端叢鞭毛菌、周鞭毛菌、側鞭毛菌等。
一般情況下，因鞭毛較細，在光學顯微鏡下不易觀察，通常需使用電鏡進行觀察，但通過特殊染色方法使染料沉積在鞭毛上使其加粗，就可克服上述困難。
鞭毛染色方法：
第一步：挑選活力較強的幼齡細菌進行塗片，挑取菌的時候盡量不要帶有培養基，塗片的玻片必須清洗幹淨，染色前可用洗衣粉洗淨並在酒精中浸泡24h，用前擦拭幹淨後使用。
第二步：將菌落輕點在玻片上，傾斜玻片讓菌液自然留下，不要用接種環塗抹或用力過猛，以免破壞鞭毛。
第三步：靜置待其自然幹燥。
第四步：滴加鞭毛染色液 2-3滴，在室溫中染色10分鍾。
第五步：直接用蒸餾水緩慢衝洗染液，不要先傾去染液後再水洗，以免汙染背景不易觀察，衝洗時要將染液的顏色衝洗幹淨否則也會影響觀察。
第六步：使用顯微鏡鏡檢觀察。鏡檢時先從邊緣開始逐漸向中間鏡檢，因為邊緣處菌量小，易觀察到單菌落，中心處菌易重疊，不易觀察。
三、芽孢
芽胞是芽胞杆菌休眠期的一種特殊形態。芽胞的形態包括芽胞形狀、芽胞位置和胞子囊膨大，芽胞形態分為圓柱形、橢圓形、球形，芽胞位置分為端生、近端生、中生或近中生。具有非常強勁的抗熱、抗化學藥物、抗輻射性能。根據芽胞的形態學可以對芽胞杆菌屬和梭菌屬進行初步鑒定。
芽孢壁厚、透性低，著色、脫色均較困難。因此，用著色力強的染色劑(如孔雀石綠)在加熱條件下進行染色時，染料不僅可以進入菌體，而且也可以進入芽孢，進入菌體的染料可經水洗脫色，而進入芽孢的染色的染料則難以透出，若再用複染液(如沙黃水溶液)染色後，芽孢仍然保留初染劑的顏色，而菌體被染成複染劑的顏色，即菌體和芽孢分別染成紅色和綠色易於區分。
芽孢染色方法：
第一步：常規塗片，待幹燥後，通過火焰上方3次，進行固定。
第二步：滴加3-4滴孔雀石綠水溶液於塗片上。
第三步：用木夾夾住載玻片在火焰上持續加熱6-8s，使染液冒蒸汽但不沸騰。
第四步：待玻片冷卻後，傾去染液，水洗至不再褪色為止。
第五步：用番紅溶液複染1min，水洗至水為無色。
第六步：待其幹燥後，使用顯微鏡鏡檢觀察。
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