氫離子濃度可表示為環境或培養基中的pH值。環境中pH值對微生物生長的影響很大。主要效應是引起細胞膜電荷變化，以及影響營養物離子化程度，從而影響微生物對營養物的吸收；pH值也會影響生物活性物質如酶的活性。同一種微生物在不同的生長階段和不同生理生化過程中，對環境 pH值也有不同的要求。由於pH值變化往往對發酵生產不利，需及時調整pH值，調節措施可分為“治標”和“治本”兩大類：
（1）“治標”是根據表麵現象而進行直接、快速但不能持久的調節。
過酸時，加入NaOH、Na2CO3
過堿時，加入H2SO4，HCl
（2）“治本”是根據內在機製所采用的間接、緩效但能持久發揮作用的調節。
過酸時：加適量N源:尿素，NaNO3,硫酸銨，蛋白質；提高通氣量。
過堿時：加適量碳源:糖，乳酸，油脂；降低通氣量。
環境pH值超過最低生長pH值或最高生長pH值就會使微生物致死，因此，強酸或強堿都具有殺菌作用。無機酸如硫酸、鹽酸等殺菌力雖很強，但腐蝕性太強，沒有作為殺菌劑的實用價值，某些有機酸如苯甲酸等可以作為防腐劑，在麵包等食品中添加丙酸可以防黴。酸菜、飼料青貯則是利用乳酸菌發酵產生的乳酸抑製腐敗微生物的生長，使之得以長久保存。強堿可以用作殺菌劑，但是它的毒性太大，其用途局限於排泄物及環境的消毒。
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