大多數的有機酸都可通過微生物發酵途徑來生產。到目前為止，約有80種有機酸可用微生物發酵法生產，如醋酸、乳酸、丙酸、丙酮酸、丁酸、蘋果酸、延胡索酸、琥珀酸、a-酮戊二酸、檸檬酸、酒石酸、葡萄糖酸、衣康酸、曲酸、脂肪酸及長鏈二羧酸等。
許多微生物都能發酵生產有機酸，如細菌、酵母菌、黴菌及少數放線菌，但以黴菌種類最多。下麵以檸檬酸為例，介紹有機酸的微生物發酵生產。
檸檬酸是一種重要的化工原料，廣泛用於食品、醫藥等工業。食品工業 中，用量約占40%，常作為酸味劑加入飲料、果醬、糖果等食品中。醫藥工業中，用量約為30%，常作為調味劑用於糖漿、片劑。
檸檬酸過去從柑橘或菠蘿中提取獲得。 自從1917年第一次報告由黑曲黴淺盤表麵培養生產檸檬酸以來，特別是1938年首次發表深層培養論文以來，檸檬酸逐漸改用液體深層發酵法進行生產。
（1）生產菌種
能產生檸檬酸的微生物很多，但以黴菌為主，如梨形毛黴、淡黃青黴、桔青黴、黑 曲黴、棒曲黴、文氏曲黴、宇佐美曲黴和綠色木黴等。其中黑曲黴和文氏曲黴產生檸檬酸的能力較強，並且能夠利用多種碳源，因此常是生產上使用的菌種。但近年來，發現假絲酵母屬 中一些種、某些細菌也能很好地生產檸檬酸，其中假絲酵母也已用於連續發酵。
（2）發酵原理
大多數學者認為檸檬酸發酵與三羧酸循環有著密切關係。在黑曲黴細胞內既存在三羧酸循環，也存在著乙醛酸循環；烏頭酸酶或異檸檬酸脫氫酶可因某些因素，如金屬離子的缺乏或代謝產物的存在，而受到抑製，這有利於檸檬酸的累積。 目前一般認為，檸檬酸的形成是依下列途徑進行的：葡萄糖經EMP途徑變為丙酮酸，丙酮酸由丙酮酸氧化酶氧化成乙酸和CO2，繼而經乙酰磷酸形成乙酰輔酶A，然後由於檸檬酸合成酶的作用，乙酰輔酶A和草酰乙酸合成為檸檬酸。
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