基因重組技術在酶的生產中具有特別重要的意義。因為酶是蛋白質，因此隻要找到負責該蛋白質編碼的DNA片段，將其整合到適當的質粒中，再轉入宿主細胞，就可以通過培養宿主細胞獲得所需要的酶產品。
許多重要的酶製劑生產菌都已經采用基因重組技術代替傳統的誘變育種方法，例如:β-半乳糖苷酶、青黴素酰化酶、天冬氨酸轉氨甲酰酶、氯黴素轉乙酰酶及苯丙氨酸合成酶等的生產已經部分應用了基因工程菌。
基因工程為改變酶蛋白的結構和功能開辟了廣闊的應用前景。近年來蛋白質工程的研究進展已經積累了大量關於蛋白質結構和功能關係方麵的知識，為采用點突變等方法獲得性質更穩定、反應速率更快、反應的專一性更好、並使底物和抑製物的親和性得到改變的新型酶蛋白提供可能。
通過X射線結晶譜、光譜及電子自旋共振譜的研究，可以獲得酶蛋白的三維結構，然後通過研究酶-底物的相互作用或與類似蛋白質的比較，再在計算機上模擬選出蛋白質結構中的關鍵氨基酸，這樣就可以根據需要改變基因編碼獲得新的酶蛋白。常規的誘變育種方法不可能做到使某一個特定的氨基酸編碼發生突變，隻有用基因工程的方法才能將所需要的氨基酸精確地插入酶蛋白結構中的指定位置。
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