按產品的來源和特性劃分，微生物發酵工業可分為下列類型：
1、微生物菌體發酵
其產品包括用於焙烤工業的麵包酵母、作為食品蛋白來源的單細胞蛋白、擔子菌如蘑菇等食用菌以及作為生物防治劑的微生物農藥如蘇雲金杆菌殺蟲劑等。
2、微生物酶（蛋 白）發酵
目前工業應用的酶大都來自微生物發酵，其產品包括食品和輕工業中常用的澱粉酶、蛋白酶和糖化酶等；醫藥生產和醫療檢測用的各種酶製劑，如青黴素酰化酶、膽固醇氧化酶和葡萄糖氧化酶等。
3、微生物轉化發酵
微生物轉化就是利用微生物細胞的一種或多種酶把一種化學物質轉變成結構相關的更有經濟價值的產物的生化反應。生長細胞、靜止營養細胞、孢子或幹細胞均可進行轉化反應。可進行的轉化反應包括脫氫反應、氧化反應、脫水反應、縮合反應、脫羧反應、氨化反應、脫氨反應和異構化反應等。轉化收率一般都很高。生物轉化最明顯的特點是特異性強，最突出的微生物轉化是甾類轉化。
4、新型微生物發酵
所謂新型微生物發酵是指利用生物技術方法所獲得的特殊的微生物細胞，如DNA重組的“工程菌”、細胞融合所得的“雜交”細胞等而進行的發酵。通過新型微生物發酵， 可以生產出更多更好的化工產品。
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