在對數生長期的培養容器中不斷添加新鮮的培養基，同時不斷放出代謝物，使微生物所需的營養及時得到補充，有害的代謝產物又能夠及時排除，菌體的生長不受影響地始終處於對數生長期，這就是連續培養。要達到連續培養的目的，就要在分批培養的基礎上，引有效的營養物補充和代謝物排出的控製裝置。連續培養的控製方式主要有兩類：恒化培養和恒濁培養。
優點：
與分批培養相比，連續培養最大的優越性是培養可連續運行，生產周期縮短，能提高設備利用率和生產效率。另外，它還便於自動化控製，產品的質量穩定。
局限性：
（1）連續培養是數百、數千小時長時間的連續操作，它較易受雜菌的汙染即使初始染菌數量極少，也可能引起嚴重的後果。另外，連續發酵的設備較複雜，也容易導致染菌。而一旦染菌，造成的後果比批式培養會更嚴重。特別是連續培養中常見的多級(多罐)發酵，一個生產罐染菌，所有的罐都要停止運作，必須滅菌後再啟動。
（2）連續培養的收率和產物濃度相對批式培養要低，這將不利於下遊的提取操作。
（3）連續培養的營養物質利用率較低，會增加生產成本。
（4）連續培養必須與整個作業的其他工序連貫進行，它對設備的要求較高，需要複雜的檢測和控製係統。
（5）連續培養更易受菌種退化的影響，因為退化菌往往比生產菌更具生長優勢，少數退化菌經較長時間的培養，會逐漸占據優勢，從而造成減產。
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