在培養基中添加某種或某些化學試劑後，某種微生物生長過程中產生的特殊代謝產物會與加入的這些化學物反應，並出現明顯的、肉眼可見的特征性變化，從而使該種微生物與其他微生物區別開來，這種培養基稱為鑒別培養基。
常見的鑒別培養基：
1、用於檢測飲水、乳品中是否含腸道致病菌的伊紅-美蘭乳糖培養基，即 EMB培養基。
其成分是:蛋白腖10g，乳糖10g，K2HPO42g，2%伊紅20ml，0.325%美蘭20ml，蒸留水1000ml，pH7.2。其中的伊紅和美蘭兩種苯胺染料可以抑製革蘭陽性菌和一些難培養的革蘭陰性菌。試樣中的多種腸道菌會在EMB培養基上產生相互易區分的特征菌落，因而易於辨認。尤其是大腸杆菌，因其強烈分解乳糖而產生大量混合酸，使菌體帶H+，很容易染上酸性染料伊紅，伊紅又與美蘭結合，其複合物為黑色，所以，大腸杆菌的菌落呈紫黑色並帶金屬光澤，其菌落較小。產氣杆菌產酸弱，菌落呈棕色；變形杆菌不能發酵乳糖，菌落無色、透明。
2、明膠培養基可用於鑒別產蛋白酶的微生物。
3、醋酸鉛培養基可用於鑒別微生物能否產生HS。
選擇性培養基與鑒別培養基的功能往往結合在同一種培養基中。例如上述 EMB 培養基既有鑒別不同腸道菌的作用，又有抑製革蘭陽性菌和選擇性培養革蘭陰性菌的作用。
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