突變一般包括染色體數目變化、染色體結構的變化和染色體局部座位內的變化三種情況。
1、染色體數目的變化
生物細胞內染色體數目是恒定的，多一條或少一條都可能引起生物表型的變化。原核微生物隻有一條DNA，若從外源獲得一段DNA，且與細胞的部分DNA同源.叫稱為部分雙倍體。與染色體結構變化同屬於染色體變。
2、染色體結構的變化
這是一種大段DNA變化(損傷)現象，它包括染色體缺失、插入、重複、倒位和易位，大段DNA的變化會造成染色體配對時，形成特定的電子顯微鏡下可見的結構改變。
3、染色體局部座位內的變化
即基因突變，因為突變隻發生在一個基因座位內，所以又稱點突變。基因突變可分為堿基置、換移碼突變、缺失和插入四種形式。基因突變與染色體畸變的區別在於基因突變僅僅是DNA鏈中一對或少數幾對堿基發生了變化。
正常DNA雙鏈中的某一堿基對轉變成另一堿基對的現象稱為堿基置換。堿基置換又有兩種情況:原來鏈上是嘧啶(或嘌呤)堿基的位置上置換成另一嘧啶(或嘌呤)堿基則稱為轉換，若原來鏈上是嘧啶(或嘌呤)堿基的位置上置換成另一嘌呤(或嘧啶)堿基則稱為顛換。顛換現象較為少見。
當堿基置換後會出現下列幾種情況：
（1）錯義突變 使所表達的蛋白質中一種氨基酸的位置上，變成另一種氨基酸；
（2）無義突變 正常翻譯為氨基酸的堿基置換後變成UAG(琥珀突變)、UAA (赫石突變)或UGA (乳石突變)等終止密碼子，造成多肽鏈合成的中止；
（3）同義突變 堿基發生了置換，但由於遺傳密碼子的簡並性，而並沒有影響原來的氨基酸順序，如密碼子GCU置換成GCC後，它們都是丙氨酸的密碼子；
（4）沉默突變 堿基置換造成多肽鏈中一個氨基酸的改變，但該氨基酸對蛋白質的結構和功能沒有多大的影響，並沒引起細胞表型變化。
一對或少數幾對鄰接的核酸的增加或減少，將造成這一位置以後一係列密碼子發生移位錯誤的現象稱為移碼突變。移碼突變有兩種情況：
（1）如果增加或減少的核苷酸數目為3或3的倍數，那麽，它隻改變某一部位的一個或幾個氨基酸，其他氨基酸未變，有可能保持原有的蛋白質性質，這取決於這些氨基酸在蛋白質中的重要性。
（2）如果增加或減少的核酸數目不是3或3的倍數，那麽，這會改變整個蛋白質的氨基酸順序，其影響可能很大。
如果一次移碼突變後，再發生一次移碼突變，則有可能會造成回複突變。
基因座位中的缺失或插入與移碼突變隻是程度不同，基因突變中的缺失或插入涉及的核甘酸數量比移碼突變多，很難用移碼突變來回複，但與染色體畸變中的缺失或插入相比，它們所變化的範圍要小得多。
染色體數目的變化對生物的影響很大，對於微生物來講，往往是致命的；而染色體大片段的改變對微生物的影響次之。這兩種遺傳物質的變化都可以通過細胞遺傳學的方法，借助顯微鏡觀察到。而基因座位內的變化，無法通過顯微鏡觀察到，很多情況下，它隻造成微生物遺傳性狀發生變化，但不會引起菌體死亡，所以，它是誘變選育高產突變菌株的主要機製。
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