1、氨基酸類
幾乎所有的氨基酸都能用微生物發酵方法生產，不少品種已經工業化，如穀氨酸、 賴氨酸、苯丙氨酸等10多種氨基酸。它們或作為調味料，或作為營養強化劑添加到食品中，改善食品品質。
有機酸類
利用微生物發酵方法可以生產多種有機酸，如常用作酸味劑的檸檬酸、蘋果酸，用作強化劑和酸味劑的乳酸，用於烹飪的醋酸，用作緩衝、強化劑的葡萄糖酸等。
3、飲料酒類
用微生物發酵方法可以生產各種酒類，如啤酒、黃酒、葡萄酒和白酒等。這些美酒營養豐富，口感舒適，能改善生活，調節情緒，深受廣大人民喜愛。
4、核苷酸類
用微生物發酵方法生產鳥苷酸、肌苷酸，在食品工業上常用作添味劑。
5、維生素類
用微生物發酵方法可以生產多種維生素，如維生素A，維生素C，維生素B2，維生素B1等。它們多用來強化食品，提高食品的營養價值。
6、多肽類細菌素
有些細菌能產生抑菌物質，稱為細菌素。它是一種多肽或多肽與糖、脂的複合物。
目前已經發現了幾十種細菌素，其中乳酸鏈球菌素作為一種天然食品防腐劑被50多個國家廣泛應用於食品工業防腐，效果很好。
7、微生物多糖
微生物代謝產生的多糖主要有細菌多糖和真菌多糖兩大類 。在細菌多糖中最具代表性的有黃原膠和葡聚糖。它們作為優良的增稠劑、穩定劑、膠凝劑、結晶抑製劑等廣泛用於食品加工中；真菌多糖的種類較多，已經對其結構和功能進行研究的就有幾十種，如靈芝多糖、香菇多糖。它們的主要功能在於促進細胞和體液產生免疫，具有獨特的保健功效，因而它們常以各種飲料、口服液等形式進入市場，是理想的保健食品並受到廣泛歡迎 。
8、天然食用色素
近年來，由於合成色素的安全性受到挑戰，天然色素特別引起人們的重視，受到消費者的青睞。目前已有紅曲色素和β-胡蘿卜素用於食品加工。它們都可以用微生物發酵方法生產。特別是紅曲色素已完全大規模工業化生產。我國是紅曲的發明國，也是紅曲的生產大國。紅曲色素廣泛用於腐乳、肉製品加工中。
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