酵母菌的細胞結構接近於高等生物。一般具有細胞壁、細胞膜、細胞核、一個或多個液泡、線粒體、核糖體、內質網、微體、微絲及內含物等。此外，還有出芽痕、誕生痕。不同種的酵母菌的細胞結構上存在一定的差異。
（1）細胞壁
酵母菌的細胞壁不如細菌細胞壁堅韌，有的菌壁厚度隨菌齡增加。電鏡下細胞壁呈“三明治”結構。
（2）細胞質膜
酵母菌的細胞質膜與細菌的細胞質膜基本相同，但有的酵母菌如釀酒酵母的細胞質中含有甾醇，尤其以麥角甾醇居多。經紫外線照射後，可形成維生素D2。細胞膜中含甾醇的性質是真核生物與原核生物的重要區別之一。
酵母菌細胞膜也是由雙磷脂層，以及鑲嵌其間的甾醇和蛋白質分子所組成。也是一個不允許蛋白質等大分子通過，小分子化合物可通過的半透膜。
（3）核
具有用多孔核膜包著的細胞核。核通常位於細胞中央，但由於酵母菌細胞質中液泡的逐漸增大，常將核擠到細胞的一邊。細胞核內有核仁，其主要功能是進行核糖體RNA的合成。核仁是細胞核內折光率較強的球形體。在細胞分裂前期消失，後期在染色體的核仁組織區重新形成。
（4）線粒體
線粒體是一種位於細胞質內的粒狀或棒狀的細胞器，比細胞質重，具雙層膜內膜內陷，形成脊，其上富含參與電子傳遞和氧化磷酸化的酶係，在脊的兩側均勾分布著圓形或多麵形的基粒。脊間充滿液體的空隙為基質，是進行氧化磷酸化，產生ATP的場所。酵母菌的線粒體比高等動物的線粒體要小，每個細胞可有1~20個線粒體。
酵母細胞的線粒體是適應有氧環境而形成的。在厭氧或高糖(葡萄糖 5%~10%)條件下，酵母菌隻形成一種發育得較差的線粒體前體，這種細胞沒有氧化磷酸化的能力。
（5）內質網
酵母菌與其他真核生物一樣，細胞質中存在由不同形狀、大小的膜層相互密集或平行排列而成的內質網。膜層之間存在間隙。內質網有兩種類型:膜外附著有核糖體的稱為粗糙型內質網，這是蛋白質的合成場所，另一種表麵沒有附著核糖體的，稱為光滑型內質網。
（6）核糖體
與其他真核生物類似，酵母菌的核糖體為80S，由60S和40S大小兩個亞基構成。它可以遊離在細胞質中，也可附著在內質網上。
（7）出芽痕，誕生痕
酵母菌出芽生殖時，子細胞與母細胞分離，在子、母細胞壁上都會留下痕跡。在母細胞的細胞壁上出芽並與子細胞分開的位點稱出芽痕；子細胞細胞壁上的位點，稱誕生痕。它通常在細胞長軸的末端。由於多重出芽，致使酵母菌細胞表麵有多個小突起，而每個細胞出芽數量是有限的。
（8）液泡
大多數酵母，尤其球形、橢圓形酵母菌細胞中都有一個液泡。長形的酵母菌有的具有二個位於細胞兩端的液泡。細胞染色後，在光學顯微鏡下可見液泡為一個透明區域。電鏡下可見其是由單層胞膜包圍著。生長旺盛的酵母菌液泡中不含內含物，而細胞老化後，可見液泡中有各種顆粒。液泡往往在細胞發育的中後期出現。它的多少、大小可作為衡量細胞成熟的標誌。較大的液泡常將細胞核擠到細胞的邊緣。
（9）細胞質內含物
①脂肪粒
大多數酵母細胞含有可被脂溶性染料染色的脂肪粒球體。如用蘇丹黑或蘇丹紅將其染成黑色或紅色。
②聚磷酸鹽
細胞質內含有聚合度為300~500 的聚磷酸鹽。它們是作為高能磷鹽儲藏的。
③肝糖
肝糖是酵母儲存碳水化合物的主要兩種形式之一。酵母的肝糖含量因菌種和培養條件不同而有很大變化。
④海藻糖
海藻糖酵母細胞儲存碳水化合物的第二種形式。這種糖儲藏在與膜結合的泡囊中，以避免已成為溶解性的海藻糖被水解。
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