鞭毛的有無和著生方式在細菌的分類和鑒定中，是非常有價值的形態學指標。
在細菌中，球菌通常沒有鞭毛，隻有個別如動球菌屬會生有鞭毛；杆菌中的假單細胞菌有端生鞭毛，其他長有周生鞭毛或者沒有鞭毛；弧菌、螺菌類都是普遍生有鞭毛的。
鞭毛在細菌表麵的著生方式是多樣化的，主要有以下幾種分類：
① 一端生：一根，例如霍亂弧菌；一束，例如熒光假單胞菌
② 兩端生：一根，例如鼠咬熱螺旋體；一束，例如紅色螺菌
③ 周生：屬於腸杆菌科的，如傷寒沙門氏菌、普通變形杆菌等；屬於芽孢杆菌科的，如枯草芽孢杆菌、丙酮丁醇梭菌等
④ 側生：例如反芻月形單胞菌
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