細胞質是被細胞膜包圍的除核區外的所有半透明、膠體狀、顆粒狀物質的總稱。細胞質的含水量約是80%，主要成分是核糖體、貯藏物、多種的酶類、中間代謝物、質粒、各種營養物質和大分子的單體等，而少部分的細菌還含有類囊體、羧酶體、氣泡或伴孢晶體等。
細胞質包括基質、細胞器和內含物。
基質是細胞質的基本成分，是在細胞質內呈現液態的部分，主要含有多種可溶性酶、糖、無機鹽、水等；
細胞器在細胞的生理活動中起著重要的作用，主要包括線粒體、葉綠體、質體、內質網、高爾基體、溶酶體、中心粒以及周圍物質等；
內含物是細胞質內的較大的顆粒狀構造，主要包括貯藏物、磁小體、羧酶體、氣泡等。
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