古生菌又可叫做古細菌或古菌，這一生物類群在進化途徑上很早就與真細菌和真核生物相互獨立。古生菌是一類非常特殊的細菌，大多生活在比較獨特的生態環境中，比如產甲烷菌和多數嗜極菌（極端嗜熱菌、極端嗜鹽菌和Thermoplasma等）。
除Thermoplasma沒有細胞壁之外，其餘古生菌都有細胞壁。
就功能而言，古生菌的細胞壁與真細菌的細胞壁大都相似；就化學成分而言，古生菌的細胞壁與真細菌的細胞壁相差很大。在對古生菌的研究中發現，其細胞壁成分為假肽聚糖、糖蛋白，不存在真正的肽聚糖。對此，我們以甲烷杆菌屬的假肽聚糖為例加以說明：
假肽聚糖，其結構雖然與肽聚糖相似，但其多糖骨架是N-乙酰葡糖胺和N-乙酰塔羅糖胺糖醛酸通過β-1,3-糖苷鍵交替鏈接而成，連接在後麵氨基糖上的肽尾是由L-Glu、L-Ala、L-Lys三個L型的氨基酸組成，肽橋由L-Glu一個氨基酸組成。
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