微生物學是近代生物學的分支學科之一，它是在細胞、分子或群體水平上研究微生物的形態構造、生理代謝、遺傳變異、生態分布和分類進化等生命活動基本規律，並將其應用於工業發酵、醫藥衛生、生物工程和環境保護等實踐領域的科學。
微生物學有大量的分支學科，對此，我們可以根據學科性質進行如下歸納：
（1）根據以微生物的基本生命活動規律為研究目的來分類，總學科稱作普通微生物學，分科有微生物分類學、微生物生理學、微生物遺傳學等；
（2）根據微生物的應用領域分類，總學科稱作應用微生物學，分科有工業微生物學、農業微生物學、醫學微生物學等；
（3）根據研究對象分類，有細菌學、真菌學、病毒學等；
（4）根據微生物所在的生態環境分類，有土壤微生物學、微生態學、海洋微生物學等；
（5）根據學科交叉與融合分類，有化學微生物學、分析微生物學、微生物生物工程學等；
（6）根據實驗方法和技術分類，有實驗微生物學、微生物研究方法等。
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