微生物代謝的人工控製就是人為的打破生物的代謝控製體係，使微生物代謝朝著人們希望的方向進行。代謝的人工控製在發酵工業中發揮著重要的作用，目前，人工控製代謝主要通過遺傳學和生物化學的方法實現。具體方法包括以下幾方麵：
一、遺傳學的方法
通改變微生物遺傳物質可以從根本上打破微生物原有的代謝控製機製。
1、營養缺陷型突變株的應用
在一定培養條件下，營養缺陷型突變株可以積累相當高濃度的中間代謝產物或末端代謝產物。
2、抗反饋控製突變株的應用
抗反饋抑製突變株指對反饋抑製不敏感或對阻遏有抗性，或兩者兼而有之的菌株。在這類菌株中，反饋調節已經解除，所以能大量積累末端代謝產物。抗反饋抑製突變株可以從結構類似物抗性突變株和營養缺陷型回複突變株中獲得。
3、選育組成型和超產突變株
① 組成型突變：如果調節基因發生突變，以致產生無效的阻遏物而不能與操縱基因結合，或操縱基因突變，從而造成結構基因不受控製地轉錄，酶的生成將不再需要誘導劑或不再被末端產物或分解代謝物阻遏，稱為組成型突變。
② 超產突變：少數情況下，組成型突變快可產生大良的、比親本高得多的酶，稱為超產突變。
4、增加結構基因數目 可提高發酵產物的產量。
二、生物化學方法
1、添加前體繞過反饋控製點
可以使某種代謝產物大量積累。
2、添加誘導劑
在培養基中加入誘導劑，可以大量合成誘導酶。
3、發酵與分離過程耦合
反饋調節的啟動因素就是超過菌體正常需求量的末端代謝產物，也就是說，隻有末端代謝產物的濃度超過一定值後，菌體的反饋調節機製才會發揮作用。如果在發酵的同時就將末端代謝產物不斷地移走，使發酵體係中末端代謝產物的濃度始終處於較低的水平，那麽菌體內代謝途徑將始終暢通無阻。
與發酵過程耦合的分離手段有膜分離、離子交換分離和萃取等，該分離裝置應具有分離效率高、抗汙染、易於重複使用等特點。
4、控製細胞膜的通透性
微生物細胞聯對細胞內外物質的運輸具有高度的的選擇性：細炮內代謝產物常以較高濃度積累在細胞內，並反饋控製它的進一步合成。采用生理學方法，可以改變細胞膜通透性，使細胞內代謝產物迅速滲透到細胞外，消除反饋控製，有利於提高發酵產量。
5、控製發酵的培養基成分
次級代謝產物的生成大多與快速被利用碳源（主要是葡萄糖）的消耗密切相關。隻有在葡萄糖幾乎耗盡，生長停止時，才開始大量合成次級代謝產物。如果僅是由於氮或磷等耗盡而導致生長停止，而培養基中還有大量葡萄糖存在時，次級代謝產物不會大量地合成。
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