在不同環境下采集微生物樣品時,所使用的工具和材料應是清潔的,有需要時應先做滅菌處理。例如,若需檢測產品內部的微生物,則采樣工具必須滅菌;若檢測目的是餐飲或食品加工衛生狀況的檢查,則可直接使用餐飲器具或食品加工工具取樣,無須滅菌。同理,樣品的包裝是否需要滅菌處理也取決於檢測的目的。用於采集微生物樣品的通用工具和材料及其要求如下:
(1) 包裝、工具,部分樣品表麵的消毒材料;可使用75%(體積分數)酒精或其他殺菌劑，以及含酒精或其他殺菌劑的濕巾和墊片。
(2) 適宜大小和食用級別的塑料袋:容量應能滿足樣品的需求,是否無菌取決於檢測的目的,最好帶有防水標簽。
(3) 盒子:用於蛋類及其他易碎產品的采集,是否無菌取決於檢測的目的。
(4) 適宜材質及容量的瓶子或試管:用於采集液體樣品,是否無菌取決於檢測的目的，廣口瓶特別適用於采集腐敗變質的樣品。
(5) 電子溫度計:宜帶有表麵傳感器和紅外探測器,並經過校準。
(6) 樣品標識係統;標簽、永久性記號筆等。
(7) 勺子、鑷子、刀具、手術刀、插入式取樣器、長柄勺以及其他專用器具入(牡蠣刀，開貝器、注射器，移液管﹑開罐器等):是否無菌取決於檢測的目的。
(8) 電鑽或手鑽:用於冷凍產品采集，應配備有適宜的鑽頭，是否無菌取決於檢測的目的。
(9) 電鋸或去芯器:用於肉類及奶酪等采集﹐是否無菌取買於檢測的目的。
(10) 采樣人員防護用品;如工作服、安全帽﹑鞋、手套等。
(11) 便攜式冰箱或保溫箱:用於樣品運輸﹐使用保溫箱或容器(如泡沫塑料箱等)時，應將足夠量的冰袋或製冷劑放在容器的四周，以保證運輸過程中樣品容器內的溫度。
除以上的通用采樣工具和材料外,乳及乳製品取樣還需要手工混合器具與機械攪拌器具等(參見ISO 707);初級產品階段取樣還需要專用的鞋襪、拖拭子、繩拭子及消毒用火焰噴槍等(參見ISO 13307);環境表麵及胴體取樣時還需要一定麵積的無菌模板(金屬、塑料或紙質的)、專用的接觸平板和含薄層培養基的蘸片﹑棉拭子、海綿和布墊片等(參見lSO 18593及ISO 17604)。對初級產品階段采樣時,用到多種一次性用品(如手套、靴、塑料袋),在每一個采樣的環境場合(如不同的農場)都應該使用新的包裝﹐在采樣的過程中,應采取預防措施確保未使用的設備/材料不被汙染。根據檢測目的,非一次性的采樣工具或設備應當在使用前進行滅菌,如高壓滅菌或幹熱滅菌,在某些情況下,也可便用化學去汙劑。經過滅菌處理後的設備應當是潔淨、無菌,無生物抑製物的。在取樣時需要重複使用的工具，可通過灼燒,75%(體積分數)酒精或者其他合適的消毒劑進行滅菌後使用。
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