不同類型的培養基都有著相對應的儲存條件，在培養基的儲存過程中應該嚴格控製儲存環境，避免因儲存不當破壞培養基的質量穩定性。
1、脫水幹燥培養基：未開封的應當保存在室溫、避光、幹燥處，已開封的還應該做好密封工作，蓋緊瓶蓋密封儲存。
2、已經配製好的培養基：建議在2-8℃冰箱冷藏儲存，如果沒有冷藏條件，應當儲存在2-25℃避光、幹燥處且必須於兩天內使用完。在USP中有如下規定：對於放置於2-25℃避光、幹燥處的培養基，如果是分裝並儲存在非密閉性容器內，該培養基的有效期是一個月，其靈敏度試驗和質量檢查應當在距離使用時的前兩周內完成；如果是儲存在密閉性容器內，該培養基的有效期是一年，其靈敏度試驗和質量檢查應當在距離使用時前三個月內完成。
3、培養基滅菌後應立即取出，不得儲藏在高壓菌器中以防止影響質量穩定性。滅菌後的培養基應在適當條件下保存至有效期，同時應對保存條件進行確認。
4、已經超過有效期的培養基，不得再用於檢測中。關於培養基的保存工作，應該由專人管理，及時記錄品名、規格、有效期等信息，做好監管。
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