描述不同種類、不同生長狀態微生物的生長情況，需要選用不同的測定指標。由於考察的角度、測定的條件和要求不同，形成了許多微生物生長測定的方法。具體如下：
一、直接法
（1）顯微計數法
① 血球計數板法，將一定稀釋度的細胞懸液加到固定體積的計數器小室內，在顯微鏡下觀測小室內細胞的個數，計算出樣品中細胞的濃度。適用於單細胞微生物的測定，不適於多細胞微生物。一般不能鑒別菌體死活。
② 染色計數法，預先在細胞懸液中加入染料，可分辨出死菌和活菌。
（2）比色法或比濁法
快速、簡單測定懸液中細胞數量。因菌體不透光，所以在一定濃度範圍內，懸液中單細胞的數量與光密度成正比。不適用多細胞生物的生長測定。
（3）幹重測定法
將細胞培養液離心或過濾後，洗滌除去培養基的成分後轉移到適當的容器中，置100-105℃幹燥箱烘幹或低溫低壓幹燥（60-80℃）至恒重後，稱重。為避免誤差，培養液中除細胞以外不能有固體顆粒。
（4）菌絲長度測定法
① 固體培養基培養法，將真菌接種在平血的中央，定時測定菌落的直徑或麵積。該法不能反映菌絲的縱向生長。接種量也會影響測定結果。
② U形管培養法，U型管底部鋪設一層培養基，將真菌接種在U形管的一端，定時測定菌絲的長度。
（5）細胞堆積體積測定法
將細胞懸液裝入毛細沉澱管內，在一定條件下離心，根據堆積體積計算含菌量。或將發酵液直接裝入常用的刻度離心管內，經過一定轉速和時間的離心，從得到沉澱的體積推測出細胞的質量。
（6）平皿菌落計數法
將發酵液稀釋後塗布在固體培養基表麵，或將經過滅菌後冷卻至45~50℃的固體培養基與一定稀釋度和體積的菌懸液混合，凝固後培養適當時間，測定菌落形成單位的數目。較適合於細菌和酵母菌等單細胞微生物計數，不適於黴菌等多細胞微生物。可反映樣品中活菌的數量。
（7）液體稀釋法
對未知菌樣做連續的10倍係列稀釋。根據估計數，從最適宜的3個連續的10倍稀釋液中各取5ml試樣，分別接種3組共15支裝有培養液的試管中（每管接入1ml）。經培養後，記錄每個稀釋度出現生長的試管數，然後查最大可能數
（8）粒子計數器法（電阻法）
將一電極放入一帶微孔的小管內，從小管上端抽真空，將會造成含有細胞電解液從微孔吸入管內。由於電極間有電壓，當細胞通過微孔時，電阻增大，電阻會引起電流脈衝，脈衝數目反映了通過的粒子數。計數器吸入樣品的體積已知，可計算出細胞粒子的濃度。另外，電阻的大小與細胞大小成正比，所以脈衝強度也反映了細胞粒子的大小。
二、間接法
（1）根據細胞組分含量進行估算
每種細胞中核酸和蛋白質等組分的含量占有一定的比例，根據各組分的含量可間接估算出細胞含量。但在微生物細胞分批培養的不同生長階段，細胞組成所占的比例可能有變化。
（2）從培養基成份的消耗量來估算
選擇一種不用於合成代謝產物的培養基成份為檢測對象，如磷酸鹽、硫酸鹽和鎂離子。從這些成分的消耗量可間接的估算出菌體的生長速度。若發酵的主要產品是菌體本身，也可從碳源或氧的消耗來估算。
（3）從細胞代謝產物來計算
在有氧發酵中，CO2是細胞代謝的產物，它與微生物生長密切有關。在全自動發酵罐中大多采用紅外線氣體分析儀來測定發酵產生的CO2，進而估算出微生物的生長量。
（4）從發酵液的黏度來估量
隨著菌體量的增加以及黏性的發酵產物的形成，發酵液的黏度會顯著地增大。發酵菌體裂解或染菌等不正常情況也會造成發酵液黏度的增大或降低，從而增加估算的誤差。
（5）從發酵的放熱量來估算
產熱是微生物生長中的普遍現象。
（6)以發酵液的酸堿度來估量
在某些特定情況下，培養基pH值的變化能較好地反映底物的消耗和微生物的生長。如氨的利用結果是釋放出H+，導致pH值下降；硝酸鹽作為氮源，氫離子被從培養基中移去，導致pH值上升。
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