微生物是所有形體微小的單細胞，或個體結構簡單的多細胞，或沒有細胞結構的低等生物的通稱。除球狀的納米比亞硫珍珠狀菌和部分真核微生物個體外，必須借助光學顯微鏡甚至電子顯微鏡才能觀察形態結構和大小。
其特點主要表現為五個方麵：
（1）體積小，麵積大
以微米（μm），甚至是納米（nm）為測量單位。同時任何物體被分割得越細，其單位體積中物體所占的表麵積就越大。
（2）吸收快、轉化快
生物界的一個普遍規律是，某一生物的個體越小，其單位體重所消耗的食物就越多。正是微生物營養物吸收快、轉化快的特點，使人類能夠將廉價原料高效轉化成食品、化工和醫藥產品。
（3）生長旺、繁殖快
微生物繁殖速度驚人，比高等動植物高上億倍，其中，以二等分裂的細菌最為突出。高速繁殖特性，為工業發酵生產等實際應用提供了產量高、周轉快等有利條件。當然，對於危害人、動植物的病原微生物或使物品黴變的黴腐微生物，此特點也給人類帶來了極大的麻煩和禍害。
（4）易變異、適應性強
由於微生物結構簡單，多為單細胞或接近於單細胞，通常是單倍體，加上繁殖快、數量多與外界環境直接接觸，使得微生物極易受到外界影響而發生變異。因此，微生物的變異性使其具有極強的適應能力，諸如抗熱性、抗寒性、抗鹽性、抗幹燥性、抗酸酸堿性、抗缺氧、抗高壓、抗輻射及抗毒性等能力。
（5）種類多、分布廣
從生理類型、代謝產物和生態分布等角度看，微生物種數應大大超過動植物種數。從生物圈、土壤圈、水圈直至大氣圈、岩石圈，到處都有微生物家族的蹤跡，目前已確定的微生物種數約十萬種左右。土壤是微生物數量最多的環境，空氣中、各種水域中也有無數微生物。微生物代謝類型和代謝產物的多樣性也是其他任何動植物無法比擬的。因此，微生物資源極為豐富，亟待開發和利用。
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