一、菌株概念及傳代
（1）標準菌株：直接從官方菌種保藏機構獲得並至少定義到屬或種的水平的菌株。通常默認為第0代菌株。
（2）標準儲備菌株：將標準菌株在實驗室轉接一代後得到的一套完全相同的獨立菌株。通常為第1代或第2代菌株。
（3）儲備菌株：從標準儲備菌株轉接一代獲得的培養物。通常為第2代或第3代菌株。
（4）工作菌株：由標準儲備菌株、 儲備菌株或標準物質（經證明或未經證明） 轉接一代獲得的菌株。通常為第3-5代菌。
傳代：每一次的轉接培養都是一次傳代的過程，可以使用液體、固體或半固體培養基。
注意事項：菌株傳代隻能由上往下傳，儲備菌株可以做為工作菌株使用，但工作菌株不能做為儲備菌株使用。實驗室使用的工作菌株一般不可超過第5代，除非標準方法中有明確要求，或實驗室能夠證明菌株相關特性沒有改變。若在傳代過程中出現明顯變異，也不可繼續使用。
二、菌種保存的基本原理
使微生物的生命活動處於半永久性的休眠狀態，也就是使微生物的新陳代謝作用限製在最低範圍內。幹燥、低溫和隔絕空氣是保證獲得這種狀態的主要措施。有針對性地創造幹燥、低溫和隔絕空氣的外界條件，就是微生物菌種保藏的基本技術。
三、菌種保存的常用方法
（1）斜麵保存法
操作方法：將營養瓊脂（或其他適宜的瓊脂培養基）加熱煮沸溶解後分裝至試管中，滅菌後擺長斜麵凝固，挑取菌落“之”字形劃線接種至培養基斜麵，置於合適的條件中進行培養。培養結束後，置2-8℃冷藏保存（部分菌株會在4℃產生自溶，如銅綠假單胞菌。副溶血性弧菌等，可置室溫保存）。
此法為實驗室和工廠菌種室常用的保藏法，操作簡單，使用方便，但易變異，屢次傳代會使微生物的代謝改變，而影響微生物的性狀，汙染雜菌的機會亦較多。黴菌、酵母菌、放線菌和芽孢菌一般保存2-4個月傳代一次，細菌一般保存一個月傳代一次。
斜麵保存法
（2）液體石蠟保存法
操作方法：將營養瓊脂（或其他適宜的瓊脂培養基）加熱煮沸溶解，分裝至試管中滅菌後擺長斜麵，或使用半固體培養基加熱煮沸溶解後分裝至小試管，滅菌後擺直立，挑取菌落“之”字形劃線接種至培養基斜麵或穿刺接種至半固體培養基管，置於合適的條件中進行培養。培養結束後，在培養基表麵覆蓋一層無菌液體石蠟，2-8℃冷藏保存。
液體石蠟一方麵可防止因培養基水分蒸發而引起菌種死亡，另一方麵可阻止氧氣進入，以減弱代謝作用。此法比斜麵保存法的保存期限更長，黴菌、酵母菌、放線菌、芽孢菌可保存1-2年甚至更長時間，多數無芽孢菌也可保存到一年以上。
（3）甘油凍存保存法
操作方法：挑取菌落至液體菌種保存管中（商品化的液體菌種保存管中已加入甘油，直接使用即可；若自行配製，可在凍存液中加入15%-50%比例的甘油，或將菌液與無菌甘油溶液混合），用移液槍吹打均勻，製成約109CFU/mL的菌懸液，置於超低溫冰箱中或液氮罐中冷凍保存（黴菌可挑取孢子凍存，保存溫度越低效果越好，長期保存建議在-70℃以下凍存）。
該方法適用範圍廣，操作簡便，效果好，無變異現象發生。-20℃保存時間較短，一般可保存一年左右，-70℃以下可保存較長時間，一般至少可保存兩年以上，有些菌種甚至可保存十年以上。
注意事項：反複凍融易導致菌株死亡，在中國藥典中規定，融化後的菌種保存管不可再進行冷凍保存。
液體菌種保存管（含甘油）
（4）真空冷凍幹燥保存法
通常以牛奶為載體，加入菌株製成菌懸液，使用真空凍幹機器進行脫水凍幹處理，製成凍幹粉。相比較於其他保存方法，真空冷凍保存法更容易保存菌種的活力，延長保存時間，適用於98%以上菌種的保存，但操作複雜，一般實驗室難以使用。
（5）載體保存法
以沙土、濾紙、矽膠等材料做為載體吸附菌株，通過五氧化二磷幹燥保藏的方法。保藏時間長，應用較為廣泛，但一般實驗室通常不易操作。
（6）瓷珠保存法
瓷珠菌種保存管是實驗室保存菌種的容器，管內有表麵凹孔小瓷珠用於細菌的吸附和保存，甘油做為抗凍保護劑可減少冷凍過程中形成的冰晶，瓷珠菌種保存管放置於-20℃或-80℃下便可創造幹燥、低溫、缺營養的環境，使菌株處於“休眠” 狀態，方可長期保存（視不同菌種與保存溫度，一般可保存3-10 年），同時菌種保存管的取用和保存較為便利（取用複蘇及保存菌株僅需1 分鍾）。
保存方法：挑取平板或斜麵上的新鮮純培養物於菌種保存管中，配成大約3-4麥氏比濁度的菌懸液，蓋上蓋子來回顛倒幾次使細菌乳化，用無菌移液器將菌種保存管內的液體吸取幹淨，僅留下瓷珠，擰緊保存管，迅速將其置於-20℃或-70℃冰箱中。
使用方法：無菌條件下，用滅過菌的針或者鑷子取出一個小瓷珠，將小瓷珠直接用作平板劃線或加到合適的液體培養基中，置合適的條件下進行培養即可。
瓷珠菌種保存管
四、實驗室常用菌種的保存方法
（1）短期、中期保存：葡萄球菌、沙門氏菌、埃希氏菌、誌賀氏菌、假單胞菌、假單胞菌、李斯特氏菌等，可使用營養瓊脂斜麵或TSA斜麵4℃保存（銅綠假單胞菌在4℃會出現自溶，可以置室溫保存），通常可保存1-3個月。白色念珠菌、酵母菌、黴菌等可使用沙氏葡萄糖瓊脂斜麵4℃保存，通常可保存3-6個月。生孢梭菌、產氣莢膜梭菌可使用皰肉培養基培養後置4℃保存，可存活數月至1年以上。
（2）長期保存：對於大多數的細菌、真菌，普通實驗室都可以選用瓷珠保存法或甘油保存法置-20℃以下或-70℃以下凍存，溫度越低保存時間越長。（注：保存黴菌時挑取孢子凍存即可；保存厭氧菌建議使用甘油保存法，避免反複凍融；使用甘油凍存法保存彎曲杆菌、螺杆菌、嗜血杆菌等細菌時，加入5%-10%比例的脫纖維羊血效果更佳）。
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