（二）氨基酸的分解
微生物對氨基酸的分解，主要是脫氨作用和脫羧基作用。
1、脫氨作用
脫氨方式隨微生物種類、氨基酸種類 以及環境條件的不同而不同，主要有以下幾種方式：
（1）氧化脫氨
這種脫氨方式須在有氧氣參加的條件下進行。專性厭氧菌不能進行氧化脫氨。微生物催化氧化脫氨的酶有兩類：一類是氨基酸氧化酶，以FAD或FMN為輔基；另一類是氨基酸脫氫酶，以NAD或NADP作為氫載體。氧化脫氨生成的酮酸一般不積累，而被微生物繼續轉化成羥酸或醇，如丙氨酸氧化脫氨生成丙酮酸，丙酮酸可借TCA循環而繼續氧化。
（2）還原脫氨
還原脫氨在無氧條件下進行，生成飽和脂肪酸。能進行還原脫氨的微生物是專性厭氧菌和兼性厭氧菌。腐敗的蛋白質中常分離到飽和脂肪酸便是由相應的氨基酸生成，如梭狀芽孢杆菌可使丙氨酸還原脫氨成丙酸。
（3）水解脫氨
不同氨基酸經水解脫氨生成不同的產物。同種氨基酸水解之後也可形成不同的產物，如丙氨酸水解之後可形成乳酸，也可形成乙醇。
（4）減飽和脫氨
氨基酸在脫氨的同時，其a，β鍵減飽和，結果生成不飽和酸，如天冬氨酸減飽和脫氨生成延胡索酸。
（5）脫水脫氨
含羥基的氨基酸在脫水過程中脫氨，如絲氨酸脫水後，經a-氨基丙烯酸、a-亞氨基丙酸，再水解脫氨成丙酮酸。
2、脫羧基作用
氨基酸脫羧基作用常見於許多腐敗細菌和真菌中。不同的氨基酸 由相應的氨基酸脫羧酶催化脫羧，生成減少一個碳原子的胺和CO2。
脫羧酶具有高度專一性，需要磷酸吡哆醛為輔酶，大多數是誘導酶。一元氨基酸脫羧後變成一元胺，如穀氨酸脫羧後變成r-氨基丁酸。
在穀氨酸生產上應用此反應來測定穀氨酸。
二元氨基酸脫羧後變成二元胺。這類物質統稱為屍堿，有毒性。肉類蛋白質腐敗後常生成二胺，故不能食用，如賴氨酸脫羧後變成屍胺。
微生物分解氨基酸的方式及其產物的不同，常用來作為鑒定菌種的一個生理生化指標。最常用的是吲哚試驗和硫化氫試驗，生成的吲哚和硫化氫可分別用吲哚試劑和重金屬鹽來檢查。
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