（一）蛋白質的分解
蛋白質是由氨基酸組成的分子巨大、結構複雜的化合物。它們不能直接進入細胞微生物利用蛋 白質，首先分泌蛋 白酶至體外，將蛋 白質分解為大小不等的多肽或氨基酸等小分子化合物後，然後再進入細胞，通式如下：
蛋 白酶
蛋白質 多肽或氨基酸
1、蛋白酶的分類
蛋白酶的種類很多，有100多種。目前比較常用的蛋白酶分類方法有以下幾種：
①按照水解蛋 白質的方式，可分為內肽酶和端肽酶兩大類 。
②按照蛋白酶的來源，可分為動物蛋白酶、植物蛋白酶和微生物蛋白酶。
③按照蛋白酶在生物體內所在的位置，可分為胃蛋白酶、胰蛋白酶、木瓜蛋白酶和菠蘿蛋白酶等。
④按照蛋白酶作用的最適pH，可分為酸性蛋白酶、中性蛋白酶和堿性蛋白酶。
⑤根據蛋白酶的活性中心和最適作用pH，可分為絲氨酸蛋白酶、巰基蛋白酶、金屬蛋白酶和酸性蛋白酶。
2、蛋白酶的生產菌種
產生蛋白酶的菌種很多，細菌、放線菌、黴菌等均有。不同的菌種可以生產不同的蛋白酶，如黑曲黴主要生產酸性蛋白酶，短小芽孢杆菌生產堿性蛋白酶。不同的菌種也可生產功能相同的蛋白酶，同一個菌種也可產生多種性質不同的蛋白酶。
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