芽孢通常可在革蘭氏染色片中看到，但在不易清晰觀察時，可用特殊的芽孢染色法，使芽孢與菌體分別呈現不同顏色，便於觀察。
（一）孔雀綠染色法
（1）將生有芽孢的斜麵菌苔按革蘭氏染色法塗片後用飽和的孔雀綠(Malachite green)水溶液（約為7.6%）染10min
（2）用自來水衝洗
（3）用0.5％番紅液複染30s
（4）水洗，吸幹
（5）鏡檢：芽孢呈綠色，菌體和芽孢囊呈微紅色，但應注意菌體中有異染粒時，也可呈現綠色。
(二）石炭酸複紅染色法
1.染劑
（1）石炭酸複紅液
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堿性複紅（Basic Fuchine,一品紅） |
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乙醇飽和液（約10%） |
10ml |
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石炭酸水溶液（5%） |
100ml |
兩液相混搖勻備用。
（2）酸性乙醇
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乙醇（95%） |
100ml |
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濃酸鹽 |
3ml |
（3）呂氏美藍染液
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美藍（次甲基藍、亞甲藍、甲烯藍、Methylene blue） |
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乙醇飽和液（約2%） |
30ml |
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KOH水溶液（0.01%） |
100ml |
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KOH 1%溶液1 ml加水99 ml即為0.015的KOH |
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將兩液混合後備用，此液陳舊者更好。
2.染色步驟
（1）按常規塗片。
（2）滴加石炭酸複紅於塗片上，並於玻片下緩緩加熱，使染液冒蒸氣但不沸騰，並繼續滴加染液，不使塗片上染液蒸幹，這樣保持5 min。
（3）塗片冷後，傾去染液，用酸性乙醇脫色至無紅色染劑洗脫為止。
（4）徹底水洗。
（5）用呂氏美藍複染2～3 min。
（6）水洗、吸幹、鏡檢。
3.觀察結果
鏡檢時，菌體及孢囊呈藍色，芽孢呈紅色。
本文節選自《常見細菌係統鑒定手冊》第十二章。
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