4、核酸
核酸有兩種：核糖核酸（RNA）和脫氧核糖核酸（DNA）。 主要存在於細胞質中，除少量以遊離態存在外，大多與蛋白質結合，以核蛋白的形式存在。它的主要功能是為合成蛋白質提供模板、運輸工具和合成場所。含RNA的某些病毒和亞病毒，它們的感染力和遺傳信息即由RNA所決定。DNA主要存在於細胞核中，也有少量以質粒形式存在於細胞質中。它是生物遺傳變異的物質基礎，起著傳遞遺傳變異信息的作用。
細菌和酵母菌細胞中核酸的含量較黴菌高。在同一種微生中，RNA的含量常隨著生長時期的變化而變化，而DNA的含量則是恒定的；DNA的堿基對順序、數量和比例通常是不變的，不受菌齡和一般外界因素的影響。因而用DNA堿基比例或 G+C的物質的量分數作為分類鑒定的指標，已在某些細菌和酵母菌的分類中得到應用。
5、脂質
脂質物質包括脂肪、磷脂、蠟和 固醇等。脂質在細胞中或以遊離狀態存在，或與蛋白質等結合。它們存在於細胞壁、細胞膜、細胞質中，如某些微生物的細胞壁含有蠟質；磷脂和蛋白質結合，是細胞膜的組成成分；脂肪常以油滴狀出現在細胞質中，作為貯藏物質；固醇在酵母細胞內含量較多，因它是維生素D的前體，故常用來生產維生素D。
微生物細胞內脂肪含量 因種和培養條件不同而相差很大，如產脂內孢黴、產脂球擬酵母和紅酵母細胞中脂肪含量高達50%或更多。另外，含糖量高的培養基能促進脂肪累積。
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